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Dr. Frauke Liers

Vorlesung
Algorithmische Bioinformatik (6108)
Mo. 14-15.30 Uhr im Hörsaal 301 Pohligstr. 1
Mi. 14-15.30 Uhr im (NEU) Seminarraum 305 Pohligstr. 1

Prüfer für die Klausur in Algorithmische Bioinformatik im Studiengang Wirtschaftsinformatik:
Frau Dr. F. Liers und Herr Dipl.-Inf. G. Pardella

Übungen
Übungen zu Algorithmische Bioinformatik (6109)
2 St. n.V. mit G. Pardella



Bioinformatik ist aus den modernen Wissenschaften nicht mehr
wegzudenken. Die in Experimenten entstehenden riesigen Datenmengen
müssen mit Hilfe von Algorithmen analysiert und ausgewertet werden, um
sie unter biologischen Aspekten interpretieren zu können.

In der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik werden grundlegende Algorithmen für
biologische Anwendungen vorgestellt. Unter anderem werden das Suchen in Texten, paarweise und
multiple (DNS)-Sequenzanalyse behandelt, aber auch genomische Kartierung (physical mapping),
probabilistische Modelle und phylogenetische Bäume, mit deren Hilfe sich Hypothesen über die
evolutionäre Entwicklung der heutigen Lebewesen ergeben.

Die Inhalte der Grundvorlesungen zur Mathematik und zur Informatik werden vorausgesetzt.
Kenntnisse in der Biologie sind nicht zwingend notwendig.


Die erste Vorlesung findet am 15.04.2009 statt.

Die Klausureinsicht findet am 13.08.2009 von 09:00 - 12:00 in Raum 506 in der 5. Etage des Pohlighauses statt.



In den Übungen werden die Inhalte der Vorlesung unter Anleitung besprochen und vertieft.
Außerdem dienen die Übungen der Vorbereitung einer Klausur am Ende des Semesters,
hier können je nach Bedarf neun Leistungspunkte oder ein Übungsschein erworben werden.
Die Veranstaltungen sind dem Bereich D (angewandte Mathematik) bzw. angewandte Informatik 1 zugeordnet.

Zur Vorlesung stellen wir (zeitnah) eine elektronische Vorlesungsmitschrift zur Verfügung:

Vorlesungsmitschrift (Stand: 13.07.2009 - vollständig)

Gast Vortrag 22.06.2009: Entdecken von Motiven in Sequenzen (T. Marschall)

Gast Vortrag 24.06.2009: Entdecken von Motiven in Sequenzen (S. Rahmann)

Vorlesungsfolien 08.07.2009

Vorlesungsfolien 13.07.2009

Klausurergebnisse



Literaturempfehlungen:

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids,
Cambridge University Press, 1998.

D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,
Cambridge University Press, 1997.

N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
MIT Press, 2004.

J. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology,
PWS Publishing Company, 1997.