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Übungen
Übungen zu Algorithmische Bioinformatik (6109)
2 St. n.V. mit G. Pardella



In den Übungen werden die Inhalte der Vorlesung unter Anleitung besprochen und vertieft.
Außerdem dienen die Übungen der Vorbereitung einer Klausur am Ende des Semesters,
hier können je nach Bedarf neun Leistungspunkte oder ein Übungsschein erworben werden.
Die Veranstaltungen sind dem Bereich D (angewandte Mathematik) bzw. angewandte Informatik 1 zugeordnet.



Die Übungsblätter werden nicht in der Vorlesung verteilt, sondern sind hier auf der www-Seite jeweils mittwochs zu finden.

Eine Abgabe darf von maximal zwei Personen gemeinsam erstellt werden. Werden Lösungen von mehreren Gruppen gemeinsam erarbeitet, so muss jede Gruppe ihre Lösung eigenständig formulieren und aufschreiben. Bitte bei jeder Abgabe Name, Matrikelnummer und Übungsleiter angeben.

Formulieren Sie Ihre Lösungen präzise und vollständig, genauso wie Sie es in der Klausur machen müssen. Wer mehr als 40% aller Übungspunkte erreicht hat, regelmässig an den Übungen teilnimmt und mindestens einmal eine seiner Lösungen in der Übung vorgestellt hat, bekommt Bonuspunkte für die Klausur gutgeschrieben. Die Verteilung der Bonuspunkte erfolgt linear, d.h. bei 40% erhält man 0% und bei 100% aller Übungspunkte erhält man 20% der zum Bestehen benötigten Klausurpunkte als Bonuspunkte für die Klausur.

Übungszettel:
 
Übungszettel 1 (Abgabe: 29.04.2009) [pdf]
 
Übungszettel 2 (Abgabe: 06.05.2009) [pdf]
 
Übungszettel 3 (Abgabe: 13.05.2009) (korrigierte Version!) [pdf]
Hinweis zur Aufgabe 8a): Die Vergleiche zur Erstellung der Failure-Links müssen nicht angegeben werden!
Hinweis zur Aufgabe 9c): Wenn die Suchwortmenge einelementig ist, erhält man im A&C als Spezialfall den KMP-Algorithmus, warum?
Hinweis zur Aufgabe 11b): Gehen Sie davon aus, dass Sie eine Art Suchwortbaum, ähnlich zu einem nichtdeterministischen Automaten, für den regulären Ausdruck vorliegen haben.
 
Übungszettel 4 (Abgabe: 20.05.2009) [pdf]
 
Übungszettel 5 (Abgabe: 10.06.2009) [pdf]
Hinweis zum 5. Übunszettel: Leider hat sich in einigen Aufgaben der Fehlerteufel eingeschlichen. Die aktuelle Version ist online.
Hinweis zur Aufgabe 17c): Gesucht ist eine obere Schranke für die Anzahl der Wege.
Hinweis zur Aufgabe 20: Auf der rechten Seite fehlt die Konstante c.
Hinweis zur Aufgabe 24: Kosten für Edit-Operationen fehlten. Weiterhin wurden die Sequenzen s und t verkürzt.
 
Übungszettel 6 (Abgabe: 17.06.2009) [pdf]
 
Übungszettel 7 (Abgabe: 24.06.2009) [pdf]
 
Übungszettel 8 (Abgabe: 01.07.2009) [pdf]
Hinweis zum 8. Übunszettel: In der Vorlesungsmitschrift fehlten noch die Alignments im letzten Beispiel, diese sind nun eingefügt. Beachten Sie dies bei Aufgabe 37.
 
Übungszettel 9 (Abgabe: 08.07.2009) [pdf]
Hinweis zur Aufgabe 38a): Es soll natürlich heißen: Wie viele Wörter werden durch das angegebene Motiv kodiert?
 
Übungszettel 10 (Abgabe: 15.07.2009) [pdf]
Hinweis zum 10. Übungszettel: Unter dem Link BLAST Datei finden Sie die benötigte Sequenz blastasearch.fasta [BLAST Datei]
Hinweis zur Aufgabe 42c): Die gesuchte Sequenz soll möglichst viele identische Aminosäuren kodieren wie die Eingabesequenz.
 



Termin mittwochs 12-14 bzw. 16-18 (siehe auch unten) — erste Übung 29.04.2009
Ort Seminarraum 305 Pohligstr. 1

Schein / Kreditpunkte

Klausur am Ende des Semesters,
hier können neun Leistungspunkte oder ein Übungsschein erworben werden.

Die Veranstaltung ist dem Bereich D (angewandte Mathematik) zugeordnet.

Hinweis für Wirtschaftsinformatiker:
Die Veranstaltung ist dem Bereich Angewandte Informatik 1 zugeordnet.
Die Anmeldung läuft über das Prüfungsamt Wirtschaftsinformatik

Klausurtermin Montag 20.07.2009, 14:00 - 15:30 Uhr im Hörsaal 301 Pohligstraße1

Organisation Dipl.-Inf. Gregor Pardella
email: pardella<_at_>informatik.uni-koeln.de


Übungsgruppeneinteilung:
 
Übungsgruppe mittwochs 12h - 14h   Übungsgruppe mittwochs 16h - 18h
Tutor: Agnes Tatara   Tutor: Ulf Berkenhaus
 
Petzold, M.   Trajt, V.
Dehling, T.   Neunzig, J.
Schlößer, S.   Burfey, M.
Zügel, C.   Kocherovsky, N.
Diesendorf, T.   Vedrilla, R.
Flick, J.   Männig, N.
Post, M.   Schmidt, N.
Breidenbach, R.   Kruse, C.
  Farrag, K.
  Loupekhina, K.


Literaturempfehlungen:

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids,
Cambridge University Press, 1998.

D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,
Cambridge University Press, 1997.

N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
MIT Press, 2004.

J. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology,
PWS Publishing Company, 1997.